Universitas Borneo Lestari (UNBL) berdiri pada tahun 2022 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, Dan Teknologi Nomor 383/E/O/2022 per tanggal 7 Juni 2022 sebagai bentuk penggabungan STIKES Borneo Lestari Banjarbaru (didirikan pada tanggal 13 September 2013 dan disahkan izin operasionalnya dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor:410/E/O/2013 dengan nama Sekolah Tinggi Farmasi Borneo Lestari dan berubah menjadi STIKES Borneo Lestari berdasarkan Seurat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Penididikan Tinggi Republik Indonesia Nomor:436/M/Kp/VII/2015) dan Akademi Analis Borneo Lestari (didirikan pada tanggal 25 Mei 2009 dan disahkan izin operasionalnya dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor:57/D/O/2009).

Pelaksanaan sistem penjaminan mutu di lingkungan UNBL mengacu pada Undang-undang Republik Indonesia Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi dan peraturan pemerintah (saat ini Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Nomor 53 Tahun 2023 tentang Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi) yang menaunginya, serta Pedoman Implementasi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) bagi Perguruan Tinggi Penyelenggara Pendidikan Akademik.